La metodología principal utilizada es una encomienda de gestión a 10 años de la Consejería de Sostenibilidad y Medio Ambiente a la Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía (AMAYA), contemplada como actividad propia en su Programa de Gestión. Se ha definido y aprobado un protocolo de actuación con programas anuales, órganos de seguimiento (comisiones provinciales semestrales mixtas Administración-Agencia y responsables cualificados), informes periódicos y memorias con contabilidad separada.
El modelo de gestión es su principal innovación, apostando por la gestión pública (con sostenibilidad amplia: económica, social, territorial y medioambiental) con ejecución privada. Esto implica la contratación de empresas mediante licitación pública para todas las actividades y aprovechamientos. Se ha implementado un modelo gerencial descentralizado sobre agrupaciones de montes, con capacidad de reorientación dinámica y participación del territorio.

Los pasos iniciales incluyen un análisis del territorio y un diagnóstico de los montes y sus potenciales, seguido de un plan de actuaciones enfocado en la repercusión socioeconómica y territorial, sin descuidar la conservación. La implementación de los planes comenzó en 2014 para Córdoba (Sierra Occidental) y Cádiz (Alcornocales), extendiéndose a otras provincias en 2016 y 2017.
El presupuesto decenal previsto para los 7 PGI es de 46.358.886 €. Los ingresos en las anualidades aprobadas ascienden a 21.059.889 €, destinados a financiar la gestión y la reinversión. Aunque la financiación inicial dependía de los ingresos generados, a partir de 2021 la Agencia se rige por las partidas presupuestarias asignadas en la Ley de Presupuestos de la Comunidad Autónoma de Andalucía.

Se han encontrado diversos condicionantes y dificultades:
• Climáticos y estacionales: La vecería de algunas cosechas como la piña o la bellota, la sequía y altas temperaturas que acortan los periodos de descorche, y plagas como la de Lymantria dispar que afectan la producción de corcho.
• Institucionales y económicos: La limitación de presupuesto público y la necesidad de modernizar la normativa para algunos aprovechamientos, como la piña. También pueden darse desajustes contables cuando la venta de un producto (corcho) se registra en una anualidad diferente a su gasto.
• Sociales y ambientales: La existencia de un sector de la piña mal organizado y con numerosos hurtos, así como la necesidad de lograr sinergias y buena convivencia entre diferentes aprovechamientos, como el cinegético y el ganadero. La adaptación de las fincas con infraestructuras adecuadas para ciertos aprovechamientos también representa un desafío.

Los factores de innovación y éxito incluyen el modelo de gestión pública modernizada, próxima y con técnica empresarial. La combinación de dirección y supervisión pública con ejecución privada garantiza el control de la Administración y la eficiencia empresarial. El enfoque territorial supera lo local, y se impulsan técnicas avanzadas e innovaciones, como proyectos de I+D+i (ej. GO-SUBER sobre descorche mecanizado). El contacto directo y continuo con las empresas permite definir licitaciones viables y acompañar en la diversificación y formación. La agilidad en los procedimientos, la profesionalización de la gestión y la presencia continua en los montes son clave. Además, se utilizan sistemas de evaluación continua con contabilidad completa, indicadores de resultados y sistemas de calidad, lo que permite una adaptación dinámica y un aprendizaje constante.