MICOCYL da continuidad a los trabajos previos descritos en el punto de “Contexto y antecedentes”, y se estructura en cinco ejes: 
•    Investigación
•    Planificación y regulación de la recolección y comercialización.
•    Formación y profesionalización.
•    Micoturismo.
•    Truficultura
Incorporando mejoras con respecto a los programas anteriores en gobernanza, innovación y cooperación.
A escala territorial, el modelo se implementa mediante acotados y parques micológicos adheridos voluntariamente, con un sistema de permisos y servicios asociados (información, señalización, control, herramientas digitales). 
Estructura y Gobernanza. Gestión operativa y agentes implicados.
En primer lugar, destacar que el aprovechamiento micológico, como aprovechamiento forestal, tanto en montes de Utilidad Pública (MUP) como en privados, se realiza con un expediente administrativo y un pliego de condiciones que en los MUP tramita el Servicio Territorial de Medio Ambiente (Pliego de Condiciones Técnico-Facultativas), y adjudica la entidad local propietaria del monte, que es el que acuerda el sistema de permisos de recolección, precios, etc. Por ejemplo, la Asociación “Montes de Soria” es la adjudicataria de 152.604,42 hectáreas en la provincia de Soria, con dos Ayuntamientos también de Burgos, Canicosa de la Sierra y Regumiel de la Sierra a mayores, y que se rigen todos bajo un mismo sistema de permisos y precios. En total en la provincia de Soria hay 198.871,79 hectáreas reguladas, a las que hay que sumar los otros dos municipios de Burgos citados.
La gestión operativa de MICOCYL se realiza a través de Cesefor (Centro de Servicios y Promoción Forestal y su Industria de Castilla y León), con protagonismo y beneficio directo para habitantes del medio rural y entidades propietarias. 
Un pilar del funcionamiento del modelo es la gestión conjunta, basada en reuniones asamblearias de representantes de la propiedad para garantizar la gobernanza, facilitar acuerdos y la toma de decisiones. 
Los territorios se organizan en Acotados (UGAM), que comparten derechos y obligaciones a nivel regional y concretan particularidades comarcales. Para su constitución se valoran:
•    Superficie forestal con interés micológico en cuanto a especies y productividad. 
•    Mínimos de superficie total por acotado, y que las superficies que formen el acotado tengan continuidad y proximidad. 
Programas de actuación.
Las actividades se agrupan en programas de actuación relacionados con los ejes descritos anteriores:
1.    Investigación.
Inventarios, encuestas de producción, integración SIG y aplicación de MICODATA. 
2.    Regulación del recurso.
Sistema de expedición de permisos, señalización y vigilancia. 
Se muestra como ejemplo de funcionamiento del sistema de permisos (modelo operativo) el esquema de permisos del Parque Micológico “Montes de Soria”:
•    Tarifas según perfil (local/vinculado/general) y tipo (recreativo/comercial), con importes de referencia (p. ej., local recreativo, para toda la temporada, 3 €, general recreativo, para 2 días 10 €, etc.). 
•    Definiciones de permisos y límites: recreativo/autoconsumo (p. ej., máximo 5 kg/día) y comercial (p. ej., hasta 30 kg/día), con validez por días o temporada (hasta 31 de diciembre).

Además, el portal regional recuerda el marco normativo aplicable y que los beneficios del sistema repercuten en población local, entidades propietarias y sostenibilidad del recurso.

3.    Planificación y gestión sostenible
Ordenación y manejo del aprovechamiento (planes y pliegos), seguimiento de producciones y garantías de conservación. 
4.    Formación y educación. 
Difusión del conocimiento micológico en sociedad rural y urbana. 
5.    Promoción y difusión: cooperación territorial y dinamización del sector. 
6.    Comercialización: control de calidad, seguridad y diferenciación del producto. 
Gestión sostenible (criterios clave): MICOCYL explicita tres límites a la recolección potencial (ecológico, legal y accesibilidad) e impulsa la mejora del operativo de control/vigilancia y de la expedición de permisos, además de integrar criterios micoselvícolas en la gestión forestal.

Herramientas y servicios digitales
MICOCYL cuenta con un Portal en el que se presenta la información de acotados y acceso a servicios. En este portal se dispone de las siguientes herramientas y servicios digitales.
•    Expedición telemática de permisos.
Se puede conseguir telemáticamente el permiso de recolección para los acotados y parques micológicos regulados dentro de MICOCYL. Se dispone del listado de los acotados por provincias, y en su caso de los reconocimientos mutuos que se puedan dar entre distintos acotados, como es en el caso del acotado micológico SO-50.002 (Montes de Soria) que se reconoce a nivel del permiso de recolección con el acotado SO-50.003 (Montes de la Comunidad de Castilla y León en Soria). Actualmente el Parque Micológico “Montes de Soria” (PMSO-50001) se corresponde con el acotado SO-50.002, y cuenta con una ampliación en tramitación para incorporar los montes autonómicos del SO-50.003.
Lo mismo sucede en la provincia de Segovia con los acotados de los Montes de Segovia y Montes de la Comunidad de Castilla y León en Segovia. 
•    Visor MICODATA.
Consiste en un Visor para conocer los montes regulados bajo el modelo MICOCYL, y conocer el estado de producción en el momento real de los mismos. Muy útil para que los visitantes de fuera de las comarcas productoras sepan donde les conviene ir a realizar las jornadas de micoturismo.
•    MICOCYL App.
Micocyl app es un servicio al recolector de hongos en Castilla y León para ayudarle fundamentalmente a conocer en todo momento si se encuentra en un monte regulado bajo este proyecto. La aplicación avisa del cambio de localización al recolector gracias al GPS, y le da otros servicios útiles como recordar la coordenada de aparcamiento del coche para luego poder localizarlo, un botón SOS que envía las coordenadas en un SMS, predicción meteorológica y listados de servicios turísticos por proximidad al punto del recolector: restaurantes especializados, guías micológicos, eventos del proyecto, puntos de expedición de permisos, etc. La aplicación también incluye un catálogo micológico para identificar las distintas setas comestibles de Castilla y León.
Micocyl App fue presentada en una comunicación formato póster en el 7º Congreso Forestal Español (incluida en la documentación adjunta). Está disponible en la tienda de Google Play para dispositivos Android.